最近，博格巴和穆里尼奥的矛盾日渐恶化，ESPN列出了双方这2年间的关系变化情况。

2016年8月，博格巴重回曼联，当时他表示：“我真的非常期待和穆里尼奥共事。”回到曼联之后，博格巴第二次出场（对阵南安普顿）就闪耀全场，赛后穆里尼奥称赞法国人：“这个小伙子太棒了。”

2017年1月，穆里尼奥支持博格巴未来成为曼联队长，他称：“他有这个魅力，以及精神力，也非常的职业。”2018年1月，曼联输给热刺，穆里尼奥在比赛进行到一个小时就把博格巴换下，引发两人在场边争吵，双方的关系开始出现问题。

2018年2月，在欧冠对塞维利亚的比赛中，博格巴没有进入首发。3月，在被记者问到博格巴的状态问题时，穆里尼奥并没有为其辩护。《太阳报》当时报道称，两人之间已经几乎不说话了。

2018年8月，有报道称，博格巴和巴萨联系到一起，穆里尼奥评价了博格巴的世界杯表现，而法国人对穆里尼奥的言论感到不满。葡萄牙人公开宣称，他和博格巴之间没有问题。

来到9月，博格巴在1-1战平狼队的赛后公开表示：“我们必须进攻、进攻、进攻。”而昨天，穆里尼奥向全队表示，博格巴以后不会担任球队场上队长，对德比郡赛后，穆里尼奥确认，已经剥夺博格巴的第二队长职位。