据《扬子晚报》报道：蔡振华已于上月到中华全国总工会报到，经中国工会第十七次全国代表大会选举通过后，他将出任中华全国总工会副主席一职。

这也标志着蔡振华彻底离开体育系统。57岁的蔡振华于2002年11月升任体育总局乒羽管理中心副主任，2004年11月22日，升任乒羽管理中心主任兼党委副书记，2005年，被任命为国家体育总局局长助理。

2006年，蔡振华当选成为中国羽毛球协会副主席。2007年4月，蔡振华晋升为国家体育总局的副局长，并在2010年8月分管中国足协工作。

2009年2月18日，他被选举为中国羽毛球协会主席。同年2月27日，他接替徐寅生，出任中国乒乓球协会主席，成为中国体育史上首个兼任乒羽两大协会主席的人物。2014年1月17日，蔡振华连任中国乒乓球协会主席。1月21日，他当选为新一任中国足球协会主席。1月24日，他连任中国羽毛球协会主席成功，8天内连续当选三个球类协会的主席。

2017年6月20日，中国足协紧急召开了有关协会人士变动的会议，刚刚升任体育总局局长助理的原田管中心主任杜兆才出任中国足协党委书记。作为足协主席的蔡振华本人当天并没有参会，此后在足球的公共视线中逐步淡出。